مکتب طب ‌ایرانی بر‌ پایه‌ی اصول و مبانی خاصّی شکل گرفته ‌است که به‌عنوان ریشه‌های ثابت و استوار طب پویا، فهم درست از آن، نتایج سودمندی را در شناخت و درمان بیماری‌ها و مهم‌تر از آن حفظ سلامت و پیشگیری از بیماری ایجاد نموده است. بخش نظری طب ‌ایرانی به‌ بیان اصول و مبانی در طب می‌پردازد که به‌وجود آمدن و تعادل انسان به‌ وجود آن‌ها بستگی دارد. این اصول شامل هفت جزء شامل: ارکان، امزجه، اخلاط، اعضاء، ارواح، قوا و افعال است. فهم مناسب این مطالب در ساخت داروها و درمان بیماری‌ها و نیز در تغذیه و حفظ ‌الصّحه بسیار ارزشمند می‌باشد و به‌همین خاطر فراگرفتن امور ‌طبیعیّه برای طبیبان و داروسازان مکتب طب ‌ایرانی از مهم‌‌ترین اولویت‌‌ها می‌باشد و همان‌طور ‌که ذکر گردید در فهم مناسب این مطالب طبیب بی‌نیاز از فهم خوب فلسفه نمی‌باشد.

طب ‌سنّتی ایرانی همانند طب ‌یونانی بر‌ پایه‌ی نظریه‌ی وجود اخلاط در بدن بنا شده است. بنابراین واضح است که نحوه‌ی تشکیل اعضای مختلف بدن از این نظریّه نشأت گرفته باشد. بر ‌اساس آموزه‌های طب ‌سنّتی ایرانی، اعضای بدن از اخلاط و اخلاط از غذا به وجود می‌آیند. چگونگی تشکیل اعضای مختلف و رابطه‌ی بین اعضاء از نکات قابل ‌تأمّل دیگر در طب ‌سنّتی است. اعضای بدن در طب سنّتی بر ‌اساس منشاء عملکرد و رابطه‌ی عضو با اعضای دیگر به‌ روش‌های مختلفی تقسیم‌بندی می‌شوند که به تفکیک ذکر خواهد شد. بررسی روابط میان اعضاء، قوا، ارواح و افعال صادره‌ی از آن‌ها در طب ‌سنّتی به طرز شگفت‌آوری دارای منطقی نمودارگرا و قوی است که در همه‌ی قسمت‌ها به ‌دقّت از آن تبعیّت شده است و از این‌ جهت تا حدود زیادی از تعالیم جالینوسی متفاوت است. در نظام طب ‌سنّتی قوّت‌ها و روح‌ها را می‌توان دارای جنبه‌ی مادّی دانست، چرا که از اعضای رئیسه سرچشمه می‌گیرند و انتقال آن‌ها نیز از‌ طریق وریدها، شریان‌ها و اعصاب است. نقش وریدها در این‌ نظام سنگین‌تر است، چرا که علاوه بر انتقال اخلاط ناقل روح طبیعی و روح حیوانی (به میزان ناچیز) هستند.